Это происходит,если на момент переноса сотрудника в СКУД у него по какой либо причине не установлена в 1С дата приема. Например, сотрудник введен в список сотрудников, но не принят на работу документом "Прием на работу организаций". Данный сотрудник переносится в СКУД с условно древней датой приема на работу. 

Чтобы этого избежать после ввода нового сотрудника в справочник "Сотрудники организаций" сразу принимайте его на работу.

Договорников проводите документом "Договор на выполнение работ" с установленными датами начала и конца работы.